मुगल सम्राट अकबर के इस निर्णय का यह कारण हो सकता है कि फतेहपुर सीकरी अजमेर को जाने वाली सीधी सड़क पर स्थित था; जहाँ के शेख मुइनुद्दीन चिश्ती की दरगाह उस समय तक एक महत्वपूर्ण तीर्थस्थल बन चुकी थी। मुगल बादशाहों के चिश्ती सिलसिले के सूफियों के साथ घनिष्ठ सम्बन्ध थे।
